為幫忙大家更快了解最新科研進(jìn)展，掌握科研熱點，擴(kuò)展科研思路，伯豪生物特此推出最新高分文獻(xiàn)速遞系列推文。本期是2025年7月最新發(fā)表的空間轉(zhuǎn)錄組相關(guān)高分文獻(xiàn)集萃！
01高分文獻(xiàn)一
標(biāo)題：Cancer Cell-整合的單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示了參與胰腺癌神經(jīng)侵襲的不同細(xì)胞亞型
文章標(biāo)題：Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover distinct cellular subtypes involved in neural invasion in pancreatic cancer
期刊：Cancer Cell
影響因子：44.5
文章摘要：神經(jīng)組織在腫瘤生物學(xué)中具有重要作用，但其周圍及內(nèi)部微環(huán)境及其在癌癥神經(jīng)侵襲（NI）中的作用仍缺乏深入研究。本研究對25例胰腺導(dǎo)管腺癌（PDAC）患者的62個樣本進(jìn)行單細(xì)胞/單核RNA測序（sc/snRNA-seq）和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，揭示了不同NI狀態(tài)下的細(xì)胞組成、譜系動態(tài)及空間分布特征。低NI腫瘤組織中三級淋巴樣結(jié)構(gòu)豐富且與未受侵入的神經(jīng)共定位，而高NI組織中NLRP3+巨噬細(xì)胞和癌相關(guān)肌成纖維細(xì)胞則環(huán)繞著受侵入的神經(jīng)。我們鑒定出獨特的內(nèi)神經(jīng)NRP2+成纖維細(xì)胞群，并表征了三種不同的施萬細(xì)胞亞群。TGFBI+施萬細(xì)胞位于NI前緣，可通過轉(zhuǎn)化生長因子β（TGF-β）信號通路誘導(dǎo)，促進(jìn)腫瘤細(xì)胞遷移，并與較差的生存率相關(guān)。我們還發(fā)現(xiàn)了具有獨特形態(tài)特征和增強(qiáng)NI潛能的基底樣惡性亞群及神經(jīng)反應(yīng)性惡性亞群。這一描繪腫瘤相關(guān)神經(jīng)的圖景揭示了原位癌癥-免疫-神經(jīng)相互作用的關(guān)鍵機(jī)制，并為靶向NI的治療開發(fā)提供了新思路。
02 高分文獻(xiàn)二：單細(xì)胞+Xenium
標(biāo)題：Cancer Cell-不同的濾泡T細(xì)胞亞群調(diào)節(jié)淋巴瘤的進(jìn)展和結(jié)果
文章標(biāo)題：Distinct follicular T cell subsets regulate lymphomaprogression and outcomes
期刊：Cancer Cell
影響因子：44.5
文章摘要：濾泡性淋巴瘤（FL）的特點是腫瘤性濾泡結(jié)構(gòu)的擴(kuò)張，這表明它可能具有獨特的T細(xì)胞免疫形式。然而，除了T濾泡輔助細(xì)胞（TFH細(xì)胞）之外，濾泡T細(xì)胞在FL中的異質(zhì)性和作用仍有許多未被探索。在這項研究中，我們利用泛癌單細(xì)胞映射、空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)和多路蛋白譜型分析，以及功能表征，對FL中的濾泡T細(xì)胞進(jìn)行了多組學(xué)分析。我們發(fā)現(xiàn)，在FL中擴(kuò)增的非TFH濾泡T細(xì)胞亞群在轉(zhuǎn)錄和空間上表現(xiàn)出顯著差異。這些亞群不僅增強(qiáng)了抗腫瘤特性，還形成了獨特的空間生態(tài)位。在以白細(xì)胞介素-21為主導(dǎo)的條件下，這些亞群的表型得到了復(fù)制，揭示了生成這些亞群的離散自我調(diào)節(jié)細(xì)胞生態(tài)系統(tǒng)，這可能是FL臨床行為的基礎(chǔ)。此外，這些亞群能夠獨立于現(xiàn)有的預(yù)后標(biāo)志物，顯著地分層FL的預(yù)后。我們的研究結(jié)果強(qiáng)調(diào)了一種先前未被認(rèn)識的免疫機(jī)制，這有助于我們更好地理解淋巴瘤，并改善患者的治療管理。
03 高分文獻(xiàn)三：Xenium定制基因
標(biāo)題：Nature-肥胖與體重減輕過程中脂肪微環(huán)境的選擇性重塑
文章標(biāo)題：Selective remodelling of the adipose niche in obesity and weight loss
期刊：Nature
影響因子：48.5
文章摘要：減重能顯著改善肥胖人群的代謝和心血管健康。脂肪組織（AT）的重塑是這些重要臨床效應(yīng)的核心機(jī)制。然而令人驚訝的是，關(guān)于其潛在機(jī)制的研究卻寥寥無幾，這成為治療進(jìn)展的一大障礙。本研究通過構(gòu)建空間解析的單細(xì)胞圖譜（包含70名受試者的171,247個細(xì)胞），揭示了肥胖及治療性減重過程中重塑人體脂肪組織、進(jìn)而影響代謝健康的細(xì)胞類型、分子事件及調(diào)控因子。我們發(fā)現(xiàn)代謝細(xì)胞、前體細(xì)胞和血管細(xì)胞對衰老具有選擇性易感性，并證實減重可有效逆轉(zhuǎn)衰老進(jìn)程。我們明確了可能驅(qū)動衰老退行性循環(huán)——即衰老、組織損傷與代謝功能障礙——的基因調(diào)控機(jī)制和組織信號通路。研究發(fā)現(xiàn)減重可減少脂肪細(xì)胞肥大和生物力學(xué)約束通路，激活全局代謝通量與生物能量底物循環(huán)，從而介導(dǎo)系統(tǒng)性代謝健康的改善。在免疫系統(tǒng)方面，我們證實減重可抑制肥胖引發(fā)的巨噬細(xì)胞浸潤，但無法完全逆轉(zhuǎn)其活化狀態(tài)，導(dǎo)致這些細(xì)胞處于易觸發(fā)體重反彈和加重代謝功能障礙的預(yù)備狀態(tài)。通過將細(xì)胞映射至組織微環(huán)境，我們揭示了組織損傷與修復(fù)的共同決定因素?？傮w而言，我們互補的單核和空間數(shù)據(jù)集為肥胖AT功能障礙的基礎(chǔ)及其通過減肥逆轉(zhuǎn)提供了前所未有的見解，并且是探索機(jī)制和治療的關(guān)鍵資源。
04 高分文獻(xiàn)四
標(biāo)題：Journal of Hematology & Oncology -單細(xì)胞和空間組學(xué)在揭示癌癥藥物反應(yīng)和耐藥性細(xì)胞特征中的應(yīng)用
文章標(biāo)題：Application of single-cell and spatial omics in deciphering cellular hallmarks of cancer drug response and resistance
期刊：Journal of Hematology & Oncology
影響因子：40.4
文章摘要：藥物抗性在癌癥治療中構(gòu)成了重大挑戰(zhàn)，導(dǎo)致疾病快速復(fù)發(fā)、進(jìn)展加速及患者死亡率上升。盡管其影響至關(guān)重要，但目前尚缺乏可靠的預(yù)測指標(biāo)來指導(dǎo)臨床應(yīng)用。腫瘤異質(zhì)性和腫瘤微環(huán)境（TME）是影響癌癥藥物療效和抗性的關(guān)鍵因素。腫瘤異質(zhì)性導(dǎo)致不同患者的治療反應(yīng)差異顯著，而癌細(xì)胞與TME之間的動態(tài)互動則促進(jìn)了腫瘤的生存和增殖，這凸顯了識別細(xì)胞特征以預(yù)測藥物反應(yīng)和抗性的緊迫性。單細(xì)胞和空間組學(xué)技術(shù)提供了對單個細(xì)胞水平基因表達(dá)的高分辨率洞察，揭示了細(xì)胞間的異質(zhì)性，揭示了潛在的病理機(jī)制、細(xì)胞間相互作用及代謝調(diào)節(jié)。本文綜述了單細(xì)胞和空間組學(xué)在癌癥藥物研究中的原理、方法和工作流程，重點討論了涉及腫瘤異質(zhì)性、TME重編程、細(xì)胞間相互作用、代謝調(diào)節(jié)和信號通路調(diào)控的關(guān)鍵特征。此外，我們還總結(jié)了25種癌癥類型中用于預(yù)測藥物反應(yīng)和抗性的細(xì)胞生物標(biāo)志物，為癌癥精準(zhǔn)醫(yī)療的發(fā)展奠定了基礎(chǔ)。
05 高分文獻(xiàn)五：激光捕獲顯微切割（LCM）
標(biāo)題：Journal of hepatology-時空肝臟動力學(xué)塑造肝細(xì)胞異質(zhì)性，并影響體內(nèi)基因工程
文章標(biāo)題：Spatiotemporal liver dynamics shape hepatocellular heterogeneity and impact in vivo gene engineering
期刊：Journal of hepatology
影響因子：33.0
文章摘要：肝細(xì)胞是肝臟的主要組成部分，對代謝至關(guān)重要，也是體內(nèi)基因治療的重要目標(biāo)，這種治療有望通過修復(fù)肝細(xì)胞功能缺陷來治療單基因疾病。將轉(zhuǎn)基因整合到目標(biāo)細(xì)胞的基因組中，對于早期給藥后實現(xiàn)長期表達(dá)至關(guān)重要，這可以通過載體整合或基因編輯技術(shù)來實現(xiàn)。為了確?；蛐揎椩诟闻K生長和更新過程中持續(xù)有效，還需要針對參與這些過程的細(xì)胞。盡管先前的研究主要集中在肝臟的穩(wěn)態(tài)和再生上，但肝細(xì)胞的生長和成熟機(jī)制仍不完全清楚。本研究探討了肝細(xì)胞異質(zhì)性在肝臟生長過程中的演變，并評估了其對體內(nèi)基因工程的影響。我們發(fā)現(xiàn)，在新生肝臟中，約15-20%的克隆生成肝細(xì)胞產(chǎn)生了超過90%的成年組織，并且這些細(xì)胞與造血島在同一空間區(qū)域共存。優(yōu)先對這些克隆生成的肝細(xì)胞進(jìn)行基因編輯，導(dǎo)致基因工程肝臟面積的比例增加，這支持了它們在肝臟生長中的作用。年齡相關(guān)的肝細(xì)胞異質(zhì)性影響了體內(nèi)慢病毒基因傳遞的效率及其在肝小葉中的分布。斷奶后逐漸形成的代謝分區(qū)和成年期中心周圍區(qū)域蛋白酶體活性的升高，影響了觀察到的年齡相關(guān)結(jié)果。
