該共識由中國藥師協會、中華醫學會細菌感染與耐藥防治分會、國家衛生健康委臨床抗微生物藥物敏感性折點研究和標準制定專家委員會共同發起制定。在臨床檢驗、感染、危重癥及體外診斷等領域的專家就mNGS-LDT的流程搭建、性能確認、質量控制、報告審核等方面形成共識并提出規范要求和建議。是國內首部針對病原宏基因組高通量測序（mNGS）在LDT規范化應用的專家共識。
全流程的性能確認
確認 mNGS 濕實驗和干實驗全流程對病原體的檢測能力是否能夠達到臨床預期用途。在全流程性能確認中至少應包括革蘭陽性菌、革蘭陰性菌、分枝桿菌、絲狀真菌、酵母菌、DNA 病毒、RNA病毒、寄生蟲，同時應關注胞內菌和難破壁的病原微生物。
性能確認參數
可參考《分子診斷檢驗程序性能驗證指南》、《臨床微生物培養、鑒定和藥敏檢測系統的性能驗證》、《病原宏基因組高通量測序性能確認方案》等，建議實驗室 mNGS 檢測系統應對方法符合率、交叉反應、精密度、準確度、檢出限、抗干擾能力（如針對高人源標本）、穩定性等性能參數進行確認。
樣品盤的制備
樣品盤要包含模擬參考品和已知病原檢測結果的真實臨床標本。樣品盤的設置應嚴格遵循臨
床預期用途所涉及的標本類型，所含微生物應有代表性，盡可能覆蓋預期用途中的病原體。標準微生物菌株可以選用ATCC或CMCC菌株等。應根據不同標本類型來合理地設置模擬參考品中的人源細胞濃度（如支氣管肺泡灌洗液的人源細胞濃度中位數為105cells/ml）。模擬參考品中應至少包含革蘭陽性菌、革蘭陰性菌、絲狀真菌、酵母、DNA 病毒、RNA病毒、寄生蟲共7類病原微生物。
1、方法符合率
使用已在國家藥品監督管理局備案并批準上市的商品化實時熒光定量 PCR 試劑盒、數字 PCR 試劑盒或臨床金標準（微生物培養鑒定、病理染色等）作為參比方法，必要時可使用一代測序作為參比。
2、交叉反應
選取同屬內近源物種，將其分別按照一定濃度比例進行混合測序，統計近源物種的檢出情況、讀長比例、相對豐度 比例與預期是否一致。
3、精密度
1.批內精密度：將上述參考品在同一時間內用相同批次試劑完成 3個全流程重復，分析批次內結果重復性。
2.批間精密度：用不同批次的試劑分別將上述參考品在 3 個工作日內完成各 3 個全流程重復，分析批次間重復性。
3.可接受標準：對陽性標本，分析結果是指通過生信流程得到的檢出病原中包括該參考品中的病原體，則記為正確結果，否則為錯誤結果。結果一致的實驗數占全部實驗數比例高于95%，判斷為可接受。
4、準確度
采用參考品（模擬參考品）和真實臨床標本進行比對。在真實臨床標本選擇上，應綜合病原體分離培養、患者的影像學檢查結果、基于宿主反應的檢測結果以及靶向治療后患者的臨床表現等綜合評價。
1.樣本選擇：全流程檢測不少于 20例標本，包括6例陽性參考品（每例模擬混合參考品包含不少于 4 種微生物），14 例臨床標本（不少于 10 例培養陽性）。分析檢測結果與已知參考品的內含微生物以及臨床綜合判斷結果是否一致，對于結果不一致的使用qPCR 或者送至另一穩定運行的mNGS實驗室進行差異檢驗。
2.可接受標準：20例標本中物種準確性≥90%，則驗證通過。對于臨床標本，金標準方法和結合臨床信息綜合判定的病原體在 mNGS 檢測結果列表之中可判定為符合。
5、檢出限
mNGS的檢出限受宿主細胞濃度、核酸提取效率、病原體種類等多種因素影響，建議以待測標本類型中宿主細胞的中位數濃度對病原體檢出限進行評估，以95%的重復均能檢測到某一病原體的最低濃度為檢出限。
1.濃度選擇：使用陽性參考品梯度稀釋至擬定的檢出限濃度，可重復測定5次或在不同批內對該濃度標本進行 20 次重復測定（如測定 5 d，每天測定 4 份標本）。可根據情況選用稀釋液或陰性標本，該稀釋液不得含有被驗證的目標病原體。
2.判斷標準：如果是 5 次重復檢測，必須全部檢出靶核酸；如果是20次檢測，必須檢出至少19次（95%檢出率）靶核酸。
6、穩定性
1.實驗過程：將投入5~10倍LoD病原體的臨床模擬標本，在4 ℃、-20 ℃冰箱分別保存1、4、7 d，在-80 ℃冰箱分別凍融 1 和 2 次，評估對檢測結果的影響。
2.可接受標準：所有重復均檢出目標病原體。
7、抗干擾性
在投入 3~5 倍 LoD 病原體的臨床模擬標本中分別額外加入更高濃度（比如 106cell/ml、107cell/ml）的宿主細胞，每份標本重復 2~3 次，以弱陽性參考品無法檢出時的內參 RPM值作為閾值。當進行臨床報告解讀時，若內參RPM低于閾值，需警惕假陰性。
為確保mNGS檢測報告的質量，需規范分析前，分析中，分析后三個階段的質量控制。建議每次測序需要包括陰性和陽性質控品。
質控品作為患者標本的類似物或替代品，完全按照真實標本的檢測流程進行操作。不建議用純水或磷酸鹽緩沖液等不含人源細胞/核酸的標本作為陰性對照，陽性質控品可以根據分析 性能確認的數據，在人源細胞基質（可與陰性對照標本濃度保持一致）中投入 3~5倍 LoD（弱陽性）的 不同類型的滅活微生物來制備，不建議使用質粒作為陽性質控品。
菁良病原分子檢測質控品
滅活菌液質控品
滅活病毒質控品
