消化系統(tǒng)腫瘤是發(fā)病率和致死率均較高的一類實(shí)體腫瘤。隨著精準(zhǔn)醫(yī)療在消化系統(tǒng)腫瘤領(lǐng)域的不斷深入，以及相關(guān)分子標(biāo)志物研究的不斷積累，臨床對(duì)于消化系統(tǒng)腫瘤的基因檢測(cè)和應(yīng)用提出了更高的要求。二代測(cè)序（next-generationsequencing，NGS）技術(shù)大大提高了檢測(cè)通量，降低了單個(gè)樣本單個(gè)位點(diǎn)的測(cè)序成本，在消化系統(tǒng)腫瘤中的應(yīng)用越來越廣泛。然而，NGS檢測(cè)提供了大量的腫瘤基因組信息，如何在異常復(fù)雜的消化系統(tǒng)腫瘤中正確應(yīng)用是巨大的挑戰(zhàn)。
為提高消化系統(tǒng)腫瘤中NGS技術(shù)臨床應(yīng)用的規(guī)范性，中國(guó)抗癌協(xié)會(huì)腫瘤精準(zhǔn)治療專業(yè)委員會(huì)結(jié)合國(guó)內(nèi)外研究成果，形成了《二代測(cè)序技術(shù)在消化系統(tǒng)腫瘤臨床應(yīng)用的中國(guó)專家共識(shí)》。經(jīng)專家組討論并形成22條專家共識(shí)，旨在為我國(guó)消化系統(tǒng)腫瘤臨床診療規(guī)范使用NGS技術(shù)提供指導(dǎo)。
共識(shí)意見1：
MSI是包括消化系統(tǒng)腫瘤在內(nèi)的泛瘤種常規(guī)檢測(cè)標(biāo)志物，NGS技術(shù)可以同時(shí)檢測(cè)MMR基因變異、MSI狀態(tài)和相關(guān)耐藥機(jī)制，因而是優(yōu)勢(shì)更明顯的檢測(cè)方法(推薦等級(jí):I級(jí)推薦)。
共識(shí)意見2：
TMB是包括消化系統(tǒng)腫瘤在內(nèi)的泛瘤種常規(guī)檢測(cè)標(biāo)志物,需采用NGS檢測(cè)(推薦等級(jí):Ⅱ級(jí)推薦)。
共識(shí)意見3：
NTRK融合需作為消化系統(tǒng)腫瘤常規(guī)檢測(cè)標(biāo)志物(推薦等級(jí)：I級(jí)推薦)。NTRK融合發(fā)生率低，且NTRK抑制劑存在NTRK自身變異及旁路激活等耐藥機(jī)制，基于DNA和RNA的NGS檢測(cè)是臨床常規(guī)篩查NTRK融合最可行的方法(推薦等級(jí): Ⅱ級(jí)推薦)。
共識(shí)意見4：
胃癌患者需檢測(cè)HER-2擴(kuò)增或表達(dá)（推薦等級(jí)：Ⅰ級(jí)推薦），HER-2擴(kuò)增或表達(dá)是結(jié)直腸癌、膽道腫瘤、胰腺癌潛在的治療靶點(diǎn)（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。HER-2擴(kuò)增或激活突變與結(jié)直腸癌抗EGFR治療耐藥相關(guān)（推薦等級(jí)：III級(jí)推薦）。推薦消化系統(tǒng)腫瘤常規(guī)檢測(cè)HER-2，NGS可以作為HER-2擴(kuò)增的臨床常規(guī)檢測(cè)手段（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。在組織樣本不可及的情況下，NGS也可以作為外周血ctDNA中HER-2擴(kuò)增的檢測(cè)手段（推薦等級(jí)：Ⅲ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見5：
結(jié)直腸癌患者應(yīng)常規(guī)檢測(cè)KRAS、NRAS基因變異（推薦等級(jí)：Ⅰ級(jí)推薦）。RAS變異屬于KIT和PDGFRA野生型胃腸道間質(zhì)瘤的潛在耐藥生物標(biāo)志物。KRAS G12C突變是結(jié)直腸癌、胰腺癌臨床治療的生物標(biāo)志物。推薦消化系統(tǒng)腫瘤常規(guī)檢測(cè)RAS突變，NGS可以作為RAS突變的臨床常規(guī)檢測(cè)手段（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見6：
結(jié)直腸癌患者應(yīng)常規(guī)檢測(cè)BRAF基因變異（推薦等級(jí)：Ⅰ級(jí)推薦）。BRAF變異屬于KIT 和PDGFRA野生型胃腸道間質(zhì)瘤的潛在耐藥生物標(biāo)志物。BRAF突變是膽道腫瘤、胰腺癌臨床治療潛在的生物標(biāo)志物。推薦消化系統(tǒng)腫瘤常規(guī)檢測(cè)BRAF突變，NGS可以作為BRAF突變的臨床常規(guī)檢測(cè)手段（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見7：
FGER2融合是膽道腫瘤臨床治療的生物標(biāo)志物（推薦等級(jí)：Ⅰ級(jí)推薦）。FGER2擴(kuò)增是胃癌潛在治療靶點(diǎn)。推薦消化系統(tǒng)腫瘤常規(guī)檢測(cè)FGER2變異，NGS可以作為FGER2變異的臨床常規(guī)檢測(cè)手段（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見8：
IDH1突變是膽道腫瘤臨床治療的生物標(biāo)志物，NGS可以作為IDH1變異的臨床常規(guī)檢測(cè)手段（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見9：
KIT突變、PDGFRA突變是胃腸道間質(zhì)瘤的常規(guī)檢測(cè)標(biāo)志物，NF1、SDHx、BRAF、RAS、PIK3CA、FGFR1等變異屬于KIT和PDGFRA野生型胃腸道間質(zhì)瘤的潛在耐藥生物標(biāo)志物，一代測(cè)序檢測(cè)KIT和PDGFRA突變的敏感度不足，推薦NGS作為胃腸道間質(zhì)瘤臨床常規(guī)檢測(cè)手段（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見10：
MET擴(kuò)增是胃癌潛在治療靶點(diǎn)（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。MET擴(kuò)增是胃癌預(yù)后不良的生物標(biāo)志物（推薦等級(jí)：Ⅲ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見11：
EGFR擴(kuò)增或胞外結(jié)構(gòu)域突變與結(jié)直腸癌抗EGFR治療耐藥相關(guān)（推薦等級(jí)：Ⅲ級(jí)推薦）。EGFR擴(kuò)增是胃癌、食管鱗癌潛在治療靶點(diǎn)（推薦等級(jí)：Ⅲ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見12：
NRG1融合、ALK融合、ROS1融合、RET融合是胰腺癌臨床治療的潛在生物標(biāo)志物（推薦等級(jí)：Ⅲ級(jí)推薦）?；贒NA和RNA的NGS同步檢測(cè)可提高融合變異的檢測(cè)效率和準(zhǔn)確性（推薦等級(jí)：Ⅲ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見13：
EBV陽性是胃癌免疫治療潛在的療效預(yù)測(cè)標(biāo)志物（推薦等級(jí)：Ⅲ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見14：
消化系統(tǒng)腫瘤需要關(guān)注免疫治療負(fù)向標(biāo)志物（推薦等級(jí)：Ⅲ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見15：
BRCA1/2突變是胰腺癌臨床治療的生物標(biāo)志物，是膽道腫瘤臨床治療潛在的生物標(biāo)志物（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。結(jié)直腸癌患者應(yīng)常規(guī)檢測(cè)POLE、POLD1等基因變異（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見16：
PI3K-mTOR信號(hào)通路與結(jié)直腸癌抗EGFR治療耐藥相關(guān)（ 推薦等級(jí)：Ⅲ級(jí)推薦）。PIK3CA變異是胃癌潛在治療靶點(diǎn)（推薦等級(jí)：Ⅱ 級(jí)推薦）。PI3K-mTOR信號(hào)通路基因變異與胃癌的酪氨酸激酶抑制劑耐藥相關(guān)（推薦等級(jí)：Ⅲ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見17：
在腫瘤組織不可及或檢測(cè)失敗的情況下，可以采用經(jīng)過嚴(yán)格的技術(shù)和臨床驗(yàn)證的液體活檢NGS產(chǎn)品作為補(bǔ)充（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見18：
早期結(jié)直腸癌可以通過術(shù)后液體活檢NGS產(chǎn)品來幫助判斷預(yù)后以及輔助治療決策（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見19：
晚期腫瘤患者接受系統(tǒng)性治療期間， 可通過液體活檢NGS動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)來判斷臨床治療應(yīng)答以及輔助臨床治療決策（推薦等級(jí)：Ⅲ級(jí)推薦）。晚期結(jié)直腸癌患者可依靠NGS液體活檢進(jìn)行全程管理（推薦等級(jí)：Ⅲ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見20：
推薦發(fā)病年齡較輕或有家族史的結(jié)直腸癌、胰腺癌、胃癌、胃腸道間質(zhì)瘤患者進(jìn)行胚系檢測(cè)并接受遺傳咨詢（推薦等級(jí)：Ⅰ級(jí)推薦）。NGS是進(jìn)行遺傳篩查、確定胚系變異的有效手段（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見21：
NGS檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室應(yīng)獲得國(guó)內(nèi)外權(quán)威認(rèn)證，其開展的檢測(cè)項(xiàng)目應(yīng)進(jìn)行性能驗(yàn)證及臨床評(píng)價(jià)，并參加國(guó)內(nèi)外權(quán)威機(jī)構(gòu)發(fā)起的室間質(zhì)評(píng)（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。
共識(shí)意見22：
NGS檢測(cè)報(bào)告應(yīng)呈現(xiàn)基于AMP、ASCO、CAP、ACMG等分級(jí)系統(tǒng)的變異等級(jí)、基于循證醫(yī)學(xué)證據(jù)等級(jí)的藥物推薦以及質(zhì)控信息（推薦等級(jí)：Ⅱ級(jí)推薦）。
第四章
二代測(cè)序檢測(cè)技術(shù)要求中明確從事NGS檢測(cè)的實(shí)驗(yàn)室需要經(jīng)過嚴(yán)格的質(zhì)量體系認(rèn)證，滿足國(guó)家和當(dāng)?shù)氐馁|(zhì)量體系要求，包括中國(guó)合格評(píng)定國(guó)家認(rèn)可委員會(huì) (China National Accreditation Service for Conformity Assessment, CNAS) 和美國(guó)實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可協(xié)會(huì)的ISO15189認(rèn)可資質(zhì)等。國(guó)外權(quán)威機(jī)構(gòu)的資質(zhì)認(rèn)證，如美國(guó)臨床檢驗(yàn)改進(jìn)修正計(jì)劃、美國(guó)病理學(xué)會(huì) (College of American Pathologists，CAP)，也可作為實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)能力和質(zhì)量體系達(dá)到國(guó)際認(rèn)可的標(biāo)準(zhǔn)。
實(shí)驗(yàn)室日常進(jìn)行NGS檢測(cè)應(yīng)進(jìn)行室內(nèi)質(zhì)量控制，從樣本接收到出具檢測(cè)報(bào)告的整個(gè)流程需要建立完善的質(zhì)控體系并形成標(biāo)準(zhǔn)操作規(guī)程。NGS檢測(cè)包括多個(gè)質(zhì)控環(huán)節(jié)，每個(gè)環(huán)節(jié)均有可能影響檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性，包括樣本質(zhì)控、核酸提取質(zhì)量、文庫(kù)構(gòu)建和數(shù)據(jù)質(zhì)控等，質(zhì)控結(jié)果需要體現(xiàn)在檢測(cè)報(bào)告中。除了實(shí)驗(yàn)室的室內(nèi)質(zhì)量控制以外，NGS臨床檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室還應(yīng)該參加國(guó)內(nèi)（國(guó)家衛(wèi)生健康委臨床檢測(cè)中心和各省市臨床檢測(cè)中心）和國(guó)際（CAP和歐洲分子基因診斷質(zhì)量聯(lián)盟）的室間質(zhì)評(píng)等。
為了保證NGS檢測(cè)作為輔助診斷的準(zhǔn)確性和可重復(fù)性，產(chǎn)品上市前必須經(jīng)過嚴(yán)謹(jǐn)?shù)男阅茯?yàn)證。在性能驗(yàn)證之前，需要建立完整的驗(yàn)證計(jì)劃，確定陽性判斷值、敏感度、特異度、檢測(cè)下限、精密度和可報(bào)告范圍等性能指標(biāo)。
產(chǎn)品性能驗(yàn)證需要納入的樣本包括標(biāo)準(zhǔn)DNA 或RNA樣本、標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系和臨床樣本等。DNA、 RNA標(biāo)準(zhǔn)品和標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系可以用來評(píng)估不同變異類型的檢測(cè)準(zhǔn)確性和可重復(fù)性，以及每種變異類型的檢測(cè)下限。
菁良技術(shù)優(yōu)勢(shì)
產(chǎn)品形式豐富菁良可提供gDNA、ctDNA、FFPE (DNA/RNA)、假病毒 (溶液/凍干珠)、細(xì)胞溶液、RNA干粉等不同形式的產(chǎn)品。
自有細(xì)胞庫(kù)累積近千細(xì)胞系資源: 涵蓋腫瘤、生殖、遺傳等多個(gè)方向。
多項(xiàng)創(chuàng)新產(chǎn)品自主創(chuàng)新研發(fā)的NIPT、HRD、TMB、COVID-19凍干珠質(zhì)控品等；以及包含數(shù)百種突變位點(diǎn)，監(jiān)控范圍超廣的泛腫瘤 800 gDNA標(biāo)準(zhǔn)品等。
定制化產(chǎn)品和服務(wù)根據(jù)用戶需求進(jìn)行個(gè)性化定制：可定制多種產(chǎn)品形式；可定制突變位點(diǎn)組合及突變頻率。
全面的質(zhì)控體系400+實(shí)驗(yàn)生產(chǎn)SOP，ISO13485質(zhì)量體系保障；數(shù)字PCR質(zhì)檢及NGS多平臺(tái)協(xié)同檢測(cè)定標(biāo)。
分子質(zhì)控品——覆蓋多種疾病類型
關(guān)于菁良
菁良科技（深圳）有限公司是全球領(lǐng)先的提供體外檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)品的研發(fā)創(chuàng)新型高科技企業(yè)。
體外檢測(cè)需要標(biāo)準(zhǔn)品！隨著經(jīng)濟(jì)的快速發(fā)展，科技細(xì)分領(lǐng)域的不斷拓展，國(guó)民生活水平的不斷提高，檢驗(yàn)檢測(cè)市場(chǎng)需求也隨之快速上升，體外檢測(cè)進(jìn)入高速發(fā)展階段。然而配套的質(zhì)量控制和規(guī)范化意識(shí)卻相對(duì)滯后，很大一部分體外檢測(cè)方法仍然存在效率低下且檢測(cè)準(zhǔn)確率有限的情況。菁良通過自主研發(fā)的高科技平臺(tái)，向體外檢測(cè)行業(yè)用戶及合作伙伴提供全球領(lǐng)先的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)、第三方質(zhì)控產(chǎn)品和研發(fā)參考品服務(wù)，助力提高行業(yè)檢測(cè)準(zhǔn)確率！
菁良自2018年成立以來，始終以推動(dòng)行業(yè)規(guī)范化、標(biāo)準(zhǔn)化為己任，參與多項(xiàng)由檢測(cè)領(lǐng)域行業(yè)龍頭發(fā)起的標(biāo)準(zhǔn)制定工作，多次支持由臨檢中心發(fā)起的室間質(zhì)量評(píng)價(jià) (EQA)/能力驗(yàn)證項(xiàng)目。菁良擁有全球領(lǐng)先的標(biāo)準(zhǔn)品研發(fā)技術(shù)和資深的國(guó)際拓展經(jīng)驗(yàn)，已推出眾多行業(yè)首創(chuàng)的參考品和第三方質(zhì)控品，被廣泛用于檢測(cè)試劑和儀器的工藝開發(fā)、以及檢測(cè)過程之中。菁良秉承著“菁準(zhǔn)制標(biāo)，匠心良造”的理念，懷抱著“提高體外檢測(cè)準(zhǔn)確率，助力精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)快速發(fā)展”的愿景，致力于建立規(guī)范化的中國(guó)體外檢測(cè)金標(biāo)準(zhǔn)平臺(tái)。