雙向電泳是等電聚焦電泳和SDS-PAGE的組合，即先進行等電聚焦電泳（按照pI分離），然后再進行SDS-PAGE（按照分子大小），經染色得到的電泳圖是個二維分布的蛋白質圖。
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Western blot 檢測不同樣品之間某種蛋白的表達差異，包括磷酸化蛋白的檢測。
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在細胞內蛋白質磷酸化是一種重要的翻譯后修飾，是由特定位點的蛋白質激酶催化磷酸基團從一個化合物轉移到另一個化合物上的過程。調控著細胞的基本進程，如細胞周期調控、細胞生長和分化等。質譜鑒定的磷酸化位點是利用蛋白質經過胰蛋白酶消化后，純化出磷酸化多肽，鑒定
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Shotgun（鳥搶法）蛋白質混合物鑒定的基本原理是蛋白質溶液或經過SDS-PAGE分離的蛋白質條帶經過酶解后形成肽段混合物，肽段混合物經過一維液相色譜或二維液相色譜分離，串聯質譜檢測，然后通過在相應的數據庫中檢索，從而鑒定蛋白質
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