外顯子組測序
產(chǎn)品名稱： 外顯子組測序
英文名稱： 外顯子組測序
產(chǎn)品編號：
產(chǎn)品價格： 咨詢：021-64878766
產(chǎn)品產(chǎn)地： null
品牌商標： null
更新時間： null
使用范圍： null
- 聯(lián)系人 : 劉晴晴
- 地址 : 上海市松江區(qū)莘磚公路518號24號樓4樓
- 郵編 :
- 所在區(qū)域 : 上海
- 電話 : 137****8490 點擊查看
- 傳真 : 點擊查看
- 郵箱 : market@cloud-seq.com.cn;liuqingqing@cloud-seq.com.cn
技術簡介
外顯子組測序利用序列富集技術特異性的檢測基因組中的外顯子區(qū)域（編碼蛋白的DNA區(qū)域），能夠直接發(fā)現(xiàn)與蛋白質(zhì)功能變異相關的遺傳突變。與全基因組重測序相比，外顯子組測序只針對外顯子區(qū)域，性價比極高，更適用于大樣本量疾病及癌癥樣本分析。
云序優(yōu)勢
一站式服務：
客戶只需提供細胞、組織、體液或基因組DNA，云序生物為您完成從樣品準備、文庫制備、上機測序到數(shù)據(jù)分析整套服務流程
最新的外顯子捕獲試劑盒：
云序生物采用最新的Agilent外顯子捕獲試劑盒，不僅能檢測所有的外顯子區(qū)域，還能檢測與蛋白功能密切相關的UTR區(qū)域
專業(yè)化的生物信息分析：
云序生物具有強大的生物信息學團隊，能夠滿足客戶的各類深入數(shù)據(jù)分析要求
樣本要求
樣品類型：細胞、組織、體液、gDNA等。其他樣品類型請詳詢。
樣品量：
a）gDNA總量：＞3μg（OD 260/280 值應在1.6-2.0之間）
b）細胞：2×107
c）組織：＞100mg
d）體液全血樣本：＞2ml
樣品運輸與保存：
樣品運輸：樣品置于1.5mL離心管中，封口膜封好，干冰運輸，DNA可用冰袋運輸。血液樣品EDTA抗凝，冰袋運輸，不可使用肝素。
樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊切塊，液氮凍存后-80℃保存；DNA樣品短期內(nèi)可-20℃，避免反復凍融。
數(shù)據(jù)分析
1、SNPs/Indels的識別與統(tǒng)計
外顯子組測序是選擇性分析編碼區(qū)（exon，約占基因組的1-2%）的一種方法，提供了>95%的外顯子覆蓋。與全基因組測序相比，外顯子組測序更加便宜且高效。它不僅能夠檢測單核苷酸多態(tài)性（single nucleotide poymorphisms，SNPs），還能夠檢測插入缺失（insertion and deletion，indels）。外顯子測序能夠有效地用于各種遺傳病，罕見病及癌癥基因組的研究。
2、SNPs/Indels基因組分布
根據(jù)SNPs，Indels在基因組上的位置，將其分類，并繪制比例圖。根據(jù)SNPs，Indels的變異類型，即missense，nonsense，read-through和synonymous繪制比例圖。從總體上查看SNPs，Indels的基因組特征。
3、共有或特異SNPs/Indels分析
當兩個或兩組樣品比較時，云序生物使用GATK軟件找出兩個或兩組樣品間共有和特異SNPs/Indels，并用Annovar軟件進行注釋。
4、SNPs/Indels相關基因GO分析
云序生物利用多種過濾條件對識別的SNPs、Indels進行過濾，并對其相關基因，或特異變異相關基因進行GO功能分析，以注釋并推測這些SNP可能參與的功能。P-value <= 0.05的GO terms被認為是統(tǒng)計顯著的。
5、SNPs/Indels相關基因KEGG通路分析
云序生物利用多種過濾條件篩選差異SNPs，Indels，并對其相關基因，或特異變異相關基因進行通路分析，以注釋并推測它們可能參與的通路。以P-value <= 0.05作為顯著富集的閾值。
6、SNPs/Indels可視化
SNP和Indel位點可以在Integrative Genomics Viewer（IGV，v2.3.68）上直觀地可視化，以供參考。
案例解析
案例1：全外顯子測序在癌癥研究中的應用
原文：Whole-exome sequencing of pancreatic cancer defines genetic diversity and therapeutic targets
期刊：Nature communications 影響因子：12.35
胰腺導管腺癌(PDA)的預后非常差，因此對其病原學的研究以及靶向干預治療非常必要。本文對109個顯微切割的PDA組織樣品進行了全外顯子測序。研究表明：環(huán)境壓力以及DNA修復基因的改變與不同的突變譜有關聯(lián)。許多癌基因/抑癌基因位點發(fā)生了拷貝數(shù)變化，但只有MYC基因拷貝數(shù)擴增與比較差的預后以及腺鱗癌亞型相關。此外，作者還在PDA中發(fā)現(xiàn)了多個新的突變基因，其中一些與預后相關。RBM10突變往往預示著較長的生存期。90%以上的樣品中發(fā)生了KRAS的突變，但只有密碼子Q61的等位突變與較長的生存期相關。此外，Wnt信號通路，染色質(zhì)重塑信號通路，Hedgehog信號通路，DNA修復和細胞周期相關的基因也被發(fā)現(xiàn)有較高的突變頻率。這些數(shù)據(jù)表明了不同PDA樣品的基因組多樣性，并且找到了一些與預后相關的基因以及治療靶點。
圖1. ?在109例PDA中顯著性突變的基因。
圖2. ?在109例PDA中發(fā)生顯著性拷貝數(shù)變化的基因區(qū)域。