SAGE文庫分析
產(chǎn)品名稱： SAGE文庫分析
英文名稱： SAGE文庫分析
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讀取測序峰圖(Base calling) ???通過分析測序峰圖文件，讀取DNA堿基序列信息以及各個堿基的測序質(zhì)量得分。
測序錯誤校正(Sequencing error correction) ???SAGE標簽只有10-20bp, 對于測序錯誤比較敏感，因此需要基于統(tǒng)計學(xué)模型對測序錯誤進行最大程度的修正。
差異表達分析(DEG analysis)???差異表達分析是高通量表達譜數(shù)據(jù)的基本分析手段之一，不同方法適用于不同的數(shù)據(jù)，常用的方法有l(wèi)imma，SAM，T-test ，F(xiàn)isher’s exact test等。
聚類分析??? 聚類分析可用來做疾病亞型分型(sub-classification)，可用于檢測樣本群體分布情況，發(fā)現(xiàn)表達相關(guān)基因群等。常用的聚類方法有層次聚類(hierarchical cluster)，K-means，自組織映射（SOM）。
標簽的基因注釋(Gene annotation) ???大部分SAGE標簽跟基因序列是一一對應(yīng)的關(guān)系
基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)??? 富集分析是基于統(tǒng)計學(xué)檢驗的case/control高通量分析方法，可用于揭示生物學(xué)樣本（case相對于control）中被顯著激活或顯著抑制的功能。與翔自主開發(fā)研制了不同的功能分析數(shù)據(jù)庫，可以提供對GO、KEGG、BioCarta、疾病相關(guān)基因、腫瘤相關(guān)基因、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點等功能的富集分析。