群體進化
產(chǎn)品名稱： 群體進化
英文名稱： population genetic
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產(chǎn)品價格： 詢價
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品牌商標： null
更新時間： null
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產(chǎn)品介紹
群體進化研究是指通過獲得某物種自然群體各亞群的SNP、InDel等變異信息。然后基于群體變異信息，解析群體的遺傳多樣性、遺傳結(jié)構(gòu)、基因交流情況、物種形成機制以及群體進化動態(tài)等生物學問題，從分子層面深入研究該物種的進化歷程。
簡化基因組技術(shù)通過對基因組DNA進行酶切后再建庫測序，極大的降低了建庫和測序成本，更為重要的是簡化基因組不受參考基因組限制，可研究的物種更為廣泛。
適用范圍
同一物種不同的亞種和品系；
不同地理分布的群體；
每個群體至少10個樣本，總樣本量不少于30個。
技術(shù)優(yōu)勢
快速精準高效的解析基因組之間的差異，獲得廣泛的分子標記；
快速高效：僅僅66個工作日即可完成全部分析內(nèi)容，快速解析群體遺傳學的相關(guān)信息；
精準分析：10年以上項目經(jīng)驗的專業(yè)分析人員深入解析，精確解決科研過程中的各個問題。
技術(shù)流程
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簡化基因組群體進化分析流程
測序技術(shù) RAD GBS 建庫 單酶切+隨機打斷+片段篩選 雙酶切+片段篩選 測序策略 Illumina?PE150 Illumina?PE150 測序深度 推薦1-2× 每個Tag≥10× 項目周期 66個工作日 66個工作日 案例一：RAD-seq探究袖蝶進化分析，揭示其翅膀顏色模型的適應(yīng)性機制 本研究對秘魯和厄瓜多爾兩個雜交地帶的袖蝶屬內(nèi)的H.?erato和H.?melphomene兩個物種的139個樣本進行了RAD測序，根據(jù)獲得的大量的多態(tài)性遺傳標記，對蝴蝶翅膀模式進行了分析，找到了之前未曾報道過的控制袖蝶翅膀顏色的候選位點，并在厄瓜多爾地區(qū)發(fā)現(xiàn)了新的H.?melphomene種群（圖1）。通過比較發(fā)現(xiàn)：在袖蝶屬基因組中，大部分的遺傳變異區(qū)與其翅膀的顏色相關(guān)。 圖1?不同地區(qū)袖蝶的系統(tǒng)進化研究技術(shù)參數(shù)
案例解析
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圖2?關(guān)聯(lián)分析和FST?outlier揭示蝴蝶翅膀模型
案例二、歐洲鱸魚群體進化研究
????文章對歐洲鱸魚進行了基因組測序，并對100個采自大西洋和地中海的野生鱸魚樣本進行了RAD測序。FST分析發(fā)現(xiàn)：雖然兩個種群間的基因組差異性較小（FST=0.028），但基因組上的一些區(qū)域卻表現(xiàn)出了較大的差異（圖1）。通過比較7個不同進化模型的聯(lián)合等位基因頻譜后發(fā)現(xiàn)兩個海域種群存在不均勻的基因滲透現(xiàn)象，導致了其種群的分化（圖2）。
圖1?各群體遺傳參數(shù)在基因組上的分布
圖2?PCA分析和群體歷史分析
參考文獻
[1]?Nadeau?N?J,?Ruiz?M,?Salazar?P,?et?al.?Population?genomics?of?parallel?hybrid?zones?in?the?mimetic?butterflies,?H.?melpomene?and?H.?erato[J].?2014,?24(8):?1316-1333.?Genome?Research.
[2]Tine?M,?Kuhl?H,?Gagnaire?P?A,?et?al.?European?sea?bass?genome?and?its?variation?provide?insights?into?adaptation?to?euryhalinity?and?speciation[J].?Nature?communications,?2014,?5.
常見問題
（1）用簡化基因組研究群體進化的優(yōu)勢是什么？
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一般情況下，群體進化研究涉及較大的樣本量，簡化基因組可以大幅減少測序成本的支出。另外，用簡化基因組測序策略研究群體進化可以不受參考基因組限制，研究物種范圍更廣泛。
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（2）有參和無參的區(qū)別是什么？
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對于發(fā)現(xiàn)突變信息而言，有參考基因組進行序列比對和變異檢測的效率和準確率更高。而且，可以定位受選擇的基因，研究群體的連鎖不平衡現(xiàn)象。