病毒載體整合位點檢測

病毒載體整合位點檢測簡介

慢病毒是逆轉錄病毒的一類，慢病毒整合到宿主細胞的染色體上可以長期穩定表達，并且與其他逆轉錄病毒（例如腺病毒）相比，慢病毒不但能感染分裂期細胞，而且還能感染非分裂期的細胞。基于以上優點，慢病毒載體（lentiviral vector）作為外源基因轉移載體已廣泛用于臨床前基因研究及臨床基因治療。然而目前尚不能實現利用慢病毒載體將目的基因插入到特定位點，因此存在插入性突變致癌的風險。

腺相關病毒（adeno-associated virus，AAV）是目前發現的一類結構最簡單的單鏈DNA缺陷型病毒。而重組腺相關病毒載體(rAAV) 源于非致病的野生型腺相關病毒，具有安全性好、宿主細胞范圍廣和在體內表達時間長等特點，目前的科學界共識是AAV不會導致任何人類疾病，因此成為目前最有前景的基因治療載體。然而，近年來不斷有研究表明AVV可將外源基因片段插入到染色體上。

病毒載體介導的外源基因隨機插入的可能風險之一是其可能整合到宿主細胞的原癌基因或抑癌基因內引發插入性誘變（insertional mutagenesis），導致癌基因的激活或抑癌基因的抑制，從而誘導癌癥的發生。這些潛在的副作用已經引起人們的極大關注，因此亟需發展普適的整合位點檢測手段來評估以病毒為載體的基因治療的安全性。

舒桐病毒載體整合位點檢測能夠特異性捕獲整合位點序列，經過文庫構建、二代測序及生物信息學分析，即可得出病毒載體在細胞中的整合位點。

技術路線圖

舒桐慢病毒整合位點檢測優勢

1. 不依賴于限制性內切酶，靈敏度和特異性高，可用于復雜或微量樣本中病毒載體整合位點的檢測；
2. 一站式服務，服務周期短，可提供原始數據及可視化結題報告；

樣品要求

1. DNA樣品總量：500ng-1ug，濃度50ng/ul以上。
2. DNA樣品純度：OD260/280=1.8~2.0 。
3. DNA樣品完整性：DNA無明顯降解，需提供凝膠電泳檢測膠圖。

參考文獻

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2. Liang, J. et al. DeepEBV: A deep learning model to predict Epstein-Barr virus (EBV) integration sites. Bioinformatics, doi:10.1093/bioinformatics/btab388 (2021).
3. Wu, C. et al. DeepHBV: a deep learning model to predict hepatitis B virus (HBV) integration sites. BMC Ecol Evol 21, 138, doi:10.1186/s12862-021-01869-8 (2021).