環狀RNA測序
產品名稱： 環狀RNA測序
英文名稱： circRNA-Seq
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測序簡介
??? ??? 環狀RNA（circular RNA，circRNA）是最近發現的一類特殊的非編碼RNA，它大量存在于真核細胞胞質內，主要由pre-mRNA通過可變剪切加工產生。
??? ??? 近年研究發現，circRNA具有很多重要的調控功能，例如，circRNA可以作為競爭性內源RNA（competing endogenous RNA，ceRNA）結合胞內miRNA，阻斷miRNA對其靶基因的抑制作用。除此以外，circRNA也具有調控其他類型RNA、調節蛋白質活性等功能。circRNA在不同物種中具有保守性，而且存在組織表達差異，且circRNA的環狀結構對RNase不敏感，導致它比線性RNA更為穩定，這些特性使得circRNA具有開發疾病新型診斷與治療方法的巨大潛力，研究意義重大。
??? ??? 利用目前最先進新一代測序平臺，銳博生物隆重推出circRNA高通量測序服務。我們將為研究者提供包括circRNA鑒定、表達量計算、注釋分析、分布統計以及circRNA保守性分析、互作miRNA分析在內的多種生物信息學分析內容，為研究者深度挖掘circRNA功能與機制信息。
技術優勢
多物種選擇：可直接對人、大鼠和小鼠樣本進行最全面的circRNA分析，亦可發現新的circRNA（其他物種需特殊評估）。
高精確度：數字化信號，可預測到基因家族中相似基因以及不同可變剪切類型產生的circRNA序列信息。
高覆蓋度：新一代高通量測序技術的高深度覆蓋，可以檢測到低豐度的稀有circRNA。
實驗流程
測序模式
測序平臺：Illumina HiSeq 3000/2500
測序模式：PE150/PE100
測序數據量：每個樣本5G clean data
送樣要求：細胞樣本不少于5×107個細胞；組織樣本干重600~1μg；RNA樣本不少于20μg
信息分析
基礎分析
1、數據統計
2、基因比對與統計
3、環狀RNA鑒定
4、環狀RNA分布統計
5、環狀RNA注釋
6、環狀RNA表達量計算
7、樣品組間表達差異分析
8、差異基因GO分析
9、差異基因KEGG分析
10、生物學重復樣品間相關性分析
11、環狀RNA序列預測
高級分析
1、環狀RNA保守性分析
2、環狀RNA與miRNA互作分析
分析內容具體詳情請咨詢當地銷售工程師
案例解讀
??? ??? 利用高通量測序鑒定H9細胞系ciRNA
??? ??? 本項研究利用Illumina HiSeq 2000測序平臺對H9細胞系進行去rRNA去線性RNA測序，共鑒定出103個來源于內含子的環狀RNA（circular intronic RNA，ciRNA），ciRNA的成環過程依賴于兩個共有基序。另外，研究者還發現，一個名為ci-ankrd52的ciRNA會作為RNA Pol II的正向調節因子，引導RNA Pol II在其基因轉錄起始位點處富集，促進轉錄延伸。本項研究也發現了ciRNA所具有的順式調控元件功能。
