長鏈非編碼RNA(lncRNA)
產品名稱: 長鏈非編碼RNA(lncRNA)
英文名稱: lncRNA
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長鏈非編碼RNA(lncRNA)
IncRNA?研究策略:
1.?差異表達篩選
通過lncRNA芯片或RNA-seq測序等方法對疾病模型和對照樣本組織進行lncRNA表達譜分析。
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2.?生物信息分析
通過生物信息學的方法篩選出具有表達差異的lncRNA,構建共表達網絡,預測lncRNA的靶基因。
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3.?細胞分子水平研究
(1)功能獲得性研究:構建lncRNA過表達載體
(2)功能缺失性研究:可通過siRNA、shRNA、反義核酸等方法沉默lncRNA。
通過過表達或者干擾LncRNA來檢測其對疾病相關基因表達的影響,以及對細胞表型如增值、凋亡、侵襲、轉移等的影響
????(3)可通過RNA?pull?down、RNA-RIP、ChIRP-seq等方法檢測與lncRNA結合的DNA、RNA、蛋白質。
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4.?動物實驗
(1)構建移植瘤或原位瘤模型,轉移模型
(2)導入siRNA或者lncRNA表達質粒
(3)檢測腫瘤生長曲線
(4)通過免疫組化、RT-PCR、Western?Blot等方法檢測相關指標變化。
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附?IncRNA簡介:
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長鏈非編碼RNA(lncRNA)是一類轉錄本長度超過200nt的RNA分子,它們并不編碼蛋白,而是以RNA的形式在多種層面上(表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等)調控基因的表達水平。
lncRNA起初被認為是基因組轉錄的“噪音”,是RNA聚合酶II轉錄的副產物,不具有生物學功能。然而,近年來的研究表明,lncRNA參與了X染色體沉默,基因組印記以及染色質修飾,轉錄激活,轉錄干擾,核內運輸等多種重要的調控過程,lncRNA的這些調控作用也開始引起人們廣泛的關注。哺乳動物?基因組序列中4%~9%的序列產生的轉錄本是lncRNA(相應的蛋白編碼RNA的比例是1%),雖然近年來關于lncRNA的研究進展迅猛,但是絕大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的,隨著研究的推進,各類?lncRNA?的大量發現,lncRNA?的研究將是?RNA?基因組研究非常吸引人的一個方向,使人們逐漸認識到基因組存在人類知之甚少的“暗物質”。
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lncRNA特征
●?lncRNA通常較長,具有mRNA樣結構,經過剪接,具有poly(A)尾巴與啟動子結構,分化過程中有動態的表達與不同的剪接方式,?與編碼基因相比,lncRNA表達量更低。
●?組織特異性:不同組織之間的lncRNA表達量不同。
●?時空特異性:同一組織或器官的不同生長階段,其中的lncRNA表達量也會變化。
●?lncRNA啟動子同樣可以結合轉錄因子,如Oct3/4,Nanog,CREB,Sp1,c-myc,Sox2與p53,局部染色質組蛋白同樣具有特征性的修飾方式與結構特征。
●?大多數的lncRNA在組織分化發育過程中,都具有明顯的時空表達特異性,如有人針對小鼠的1300個lncRNA進行研究,發現在腦組織中的不同部位,lncRNA具有不同的表達模式。
●?在腫瘤與其他疾病中有特征性的表達方式。
