Small RNA（Micro RNA）研究

?? Small RNA是一類高度保守的長度在18-30 nt的具有調(diào)節(jié)功能的內(nèi)源性非蛋白質(zhì)編碼RNA分子，主要包括：miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等，主要位于基因間和內(nèi)含子區(qū)域。Small RNA幾乎存在于所有的生物體內(nèi)，通過與靶mRNA的特異結(jié)合導致靶mRNA降解或者翻譯受抑制，最終調(diào)控基因的表達，對生物個體發(fā)育、代謝及疾病的發(fā)生等起著重要的影響。

主要生物信息分析內(nèi)容：

序列去雜，測序質(zhì)量評估；
小RNA長度分布；
Small RNA的分類注釋；
鑒定已知的miRNA，預測新的miRNA和miRNA前體；
miRNA表達量分析與表達差異分析（表達差異需2個以上樣品）；
miRNA的靶基因預測，預測miRNA在生長發(fā)育過程中的作用；
miRNA的靶基因GO，KEGG分析；
miRNA與物種轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)聯(lián)合分析（定制化）；
miRNA靶基因與降解組聯(lián)合研究（定制化）。

Small RNA的主要研究手段

??? 對small RNA的檢測主要是通過生物芯片技術，但這些技術只能局限于研究那些序列已知的small RNA，無法發(fā)現(xiàn)和研究未知的small RNA分子。相比于傳統(tǒng)的miRNA檢測方法, 新一代測序技術具有檢測完全且準確度高，可重復性好，通量高等優(yōu)點，在探索研究small RNA上具有巨大優(yōu)勢。
??? 基于新一代高通量測序平臺Illumina系統(tǒng)，一次可獲得數(shù)百萬條Small RNA序列，可以鑒定并定量出任何物種不同組織、不同發(fā)育階段、不同疾病狀態(tài)下全基因組水平的Small RNA。
??? 基于Illumina系統(tǒng)平臺的Small RNA研究常用測序策略：Hiseq 2000，1×36 bp或1×50 bp，文庫構建試劑盒：Illumina TruSeq Small RNA Pre Kit。該試劑盒既可使用total RNA，也可使用純化好的small RNA為起始樣品。

Illumina SmallRNA v1.5 Sample Prep Guide.pdf