單核苷酸多態(tài)性(SNP)檢測(cè)服務(wù)
產(chǎn)品名稱： 單核苷酸多態(tài)性(SNP)檢測(cè)服務(wù)
英文名稱： SNP檢測(cè)服務(wù)
產(chǎn)品編號(hào)：
產(chǎn)品價(jià)格： 021-60409269詢價(jià)
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SNP檢測(cè)
單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism，SNP),主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。它是人類可遺傳的變異中最常見的一種。占所有已知多態(tài)性的90%以上。SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每500～1000個(gè)堿基對(duì)中就有1個(gè)，估計(jì)其總數(shù)可達(dá)300萬個(gè)甚至更多,SNP也成為第三代遺傳標(biāo)志,人體許多表型差異、對(duì)藥物或疾病的易感性等等都可能與SNP有關(guān), 例如癌癥，糖尿病等疾病，特別是近年來對(duì)Y染色體SNP的分析，使得在人類進(jìn)化、人類種群的演化和遷徙領(lǐng)域取得了一系列重要成果。
1.? 熒光定量PCR平臺(tái)SNP檢測(cè)原理：
熒光定量PCR是( realtime fluores-cence quantitative PCR，RTFQ PCR) 是由美國Applied Biosystems 公司推出的一種新定量試驗(yàn)技術(shù)，它是通過熒光染料或熒光標(biāo)記的特異性的探針，對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行標(biāo)記跟蹤，實(shí)時(shí)在線監(jiān)控反應(yīng)過程，結(jié)合相應(yīng)的軟件可以對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行分析，計(jì)算待測(cè)樣品模板的初始濃度等信息，7900是ABI公司最新的高通量實(shí)時(shí)定量PCR系統(tǒng)，可兼容96/384孔板和TaqMan低密度芯片，滿足從中通量到高通量的基因表達(dá)定量和SNP多態(tài)性實(shí)驗(yàn)的需求。
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PCR擴(kuò)增時(shí)在加入一對(duì)引物的同時(shí)加入一個(gè)特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標(biāo)記一個(gè)報(bào)告熒光基團(tuán)和一個(gè)淬滅熒光基團(tuán)。探針完整時(shí)，報(bào)告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號(hào)被淬滅基團(tuán)吸收；剛開始時(shí), 探針結(jié)合在DNA任意一條單鏈上;PCR擴(kuò)增時(shí)，Taq酶的
2. MassARRAY飛行時(shí)間質(zhì)譜平臺(tái)SNP檢測(cè)原理：
MassARRAY?時(shí)間飛行質(zhì)譜生物芯片系統(tǒng)由專業(yè)生產(chǎn)生物芯片系統(tǒng)用于遺傳突變及SNP領(lǐng)域研究的美國Sequenom公司開發(fā)，是目前唯一采用質(zhì)譜法直接檢測(cè)SNP的設(shè)備。該系統(tǒng)的突出特點(diǎn)是能以極高的精確度快速進(jìn)行基因型識(shí)別，直接測(cè)出帶有SNP或其他突變的目標(biāo)DNA。MassARRAY?系統(tǒng)反應(yīng)體系為非雜交依賴性，不存在潛在的雜交錯(cuò)配干擾，不需要各種標(biāo)記物，全自動(dòng)分析。這套系統(tǒng)及時(shí)提供了大規(guī)模、高能量檢測(cè)SNP的技術(shù)平臺(tái)，在當(dāng)前醫(yī)學(xué)疾病基因組疾病機(jī)制研究迅猛發(fā)展的背景下，其為尋找與致病機(jī)制相關(guān)的藥物靶點(diǎn)提供線索。
我們的質(zhì)譜是Maldi-Tof質(zhì)譜，全稱是基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜。其主要過程是，PCR擴(kuò)增后的產(chǎn)物，加入SNP序列特異延伸引物，在 SNP 位點(diǎn)上，延伸 1個(gè)堿基。然后將制備的樣品分析物與芯片基質(zhì)共結(jié)晶，將該晶體放入質(zhì)譜儀的真空管 , 而后用瞬時(shí)納秒 (10-9s) 強(qiáng)激光激發(fā)，由于基質(zhì)分子經(jīng)輻射所吸收的能量，導(dǎo)致能量蓄積并迅速產(chǎn)熱，從而使基質(zhì)晶體升華，核酸分子就會(huì)解吸附并轉(zhuǎn)變?yōu)閬喎€(wěn)態(tài)離子，產(chǎn)生的離子多為單電荷離子，這些單電荷離子在加速電場(chǎng)中獲得相同的動(dòng)能，進(jìn)而在非電場(chǎng)漂移區(qū)內(nèi)按照其質(zhì)荷比率加以分離，在真空小管中飛行到達(dá)檢測(cè)器。MALDI產(chǎn)生的離子常用飛行時(shí)間（Time-of-Flight,TOF）檢測(cè)器來檢測(cè)，不同分子量的分子飛行時(shí)間也不同，分子量越大飛行時(shí)間越長，根據(jù)飛行時(shí)間進(jìn)而判斷分子量大小。通過對(duì)物質(zhì)的分子量進(jìn)行檢測(cè)，達(dá)到區(qū)分、鑒別物質(zhì)的目的。
SNP是指在基因組上單個(gè)核苷酸的變異。不同的核苷酸之間存在分子量差異，通過實(shí)驗(yàn)將差異放大和轉(zhuǎn)化，然后通過質(zhì)譜儀進(jìn)行檢測(cè),從而確定其堿基類型。
檢測(cè)目標(biāo)：?? A ? ? ? or ? ? ? C ? ?or ? ? ? ? T??? or??? G
延伸物質(zhì)： ddTTP? or? ddGTP? or? ddATP? or? ddCTP
分子量：?? 353.2 ? ? >?? 313.2 ? ?>?? 297.2 ? ?>?? 273.2
3.Affymetrix芯片平臺(tái)SNP檢測(cè)原理：
美國 Affymetrix 公司是基因芯片產(chǎn)業(yè)先行者，早在1989年就研制出了世界首張基因芯片。其開發(fā)的寡核苷酸原位光刻合成專利技術(shù)(light-controlled in situ synthesis of DNA microarrays)，是目前最高密度的芯片制備技術(shù)。Affymetrix 公司以其完備的芯片設(shè)計(jì)，穩(wěn)定可靠的分析結(jié)果和強(qiáng)大的生物信息學(xué)分析能力，幫助研究人員在短時(shí)間內(nèi)獲得大量可靠的結(jié)果，為后續(xù)研究提供重要的線索和幫助。Affymetrix GeneChip生物芯片檢測(cè)系統(tǒng)，是由高密度GeneChip芯片和試劑，雜交、掃描儀器，數(shù)據(jù)處理和分析工具組成的一整套檢測(cè)平臺(tái)，是世界上第一種經(jīng)歐盟和美國FDA審批的可用作體外診斷的芯片系統(tǒng)。
目前用Affymetrix芯片發(fā)表的科學(xué)文章現(xiàn)已多達(dá)3萬多篇文章，其中多篇文章發(fā)表在nature、science、 cell等世界最高級(jí)別的學(xué)術(shù)刊物上。
Affymetrix公司開發(fā)的寡聚核苷酸原位光刻專利技術(shù)，利用此技術(shù)用很少的步驟可合成大量的DNA陣列。 Affymetrix的原位合成技術(shù)可制作的點(diǎn)陣密度高達(dá)106~1010/cm2。首先使固相片基羥基化，并用光敏保護(hù)基團(tuán)將其保護(hù)起來，然后選取適當(dāng)?shù)谋芄饽ぃ?span lang="EN-US">mask）使需要聚合的部位透光，其他部位不透光。這樣，當(dāng)光通過避光膜照射到支持物上時(shí)，受光部位的羥基就會(huì)發(fā)生脫保護(hù)而活化，從而可以反應(yīng)結(jié)合堿基。由于參與合成的堿基單體一端可以進(jìn)行固相合成，另一端受光敏基團(tuán)的保護(hù)，所以原位合成后，可進(jìn)行下一輪的光照、脫保護(hù)和固相合成。循環(huán)下去，不斷改變避光膜的透光位點(diǎn)，就可以實(shí)現(xiàn)在同一玻片上合成成千上萬種預(yù)定序列的寡核苷酸探針，目前市場(chǎng)上有大量SNP檢測(cè)芯片，同時(shí)我公司可以提供SNP檢測(cè)芯片定制服務(wù)。
4. 其他SNP檢測(cè)技術(shù)對(duì)比：
4.1 限制性片段長度多態(tài)性分析法(RFLP)：
RFLP技術(shù)利用限制性核酸內(nèi)切酶識(shí)別并剪切特定DNA序列的能力,檢測(cè)基因片段上限制性核酸內(nèi)切酶識(shí)別位點(diǎn)處是否存在核苷酸突變。應(yīng)用限制性內(nèi)切酶對(duì)兩個(gè)等位基因識(shí)別的差異,產(chǎn)生不同大小的切割片段,通過電泳遷移率的不同來判定是否存在SNP。
? ? ? ? ? ? ?儀器：電泳儀、凝膠成像系統(tǒng)；
? ? ? ? ? ? ?優(yōu)點(diǎn)：簡(jiǎn)單，成本低廉；
? ? ? ? ? ? ?缺點(diǎn)：能檢測(cè)SNP位點(diǎn)有限，易污染，通量低。
4.2 單鏈構(gòu)象多態(tài)性分析法（SSCP）：
在非變性聚丙烯酰胺凝膠上，短的單鏈DNA和RNA分子依其大堿基序列不同而形成不同構(gòu)象，一個(gè)堿基的改變將影響其構(gòu)象而導(dǎo)致其在凝膠上的移動(dòng)速度改變。
? ? ? ? ? ? ?儀器：電泳儀、凝膠成像系統(tǒng)；
? ? ? ? ? ? ?缺點(diǎn)：能檢測(cè)SNP位點(diǎn)有限，易污染，通量低。
4.3 異源雙鏈分析法（HA）：
在變性凝膠上分離雜交的突變型一野生型DNA雙鏈。由于突變和野生型DNA形成的異源雜合雙鏈DNA在其錯(cuò)配處會(huì)形成一突起，在非變性凝膠中電泳時(shí)，會(huì)產(chǎn)生與相應(yīng)的同源雙DNA不同的遷移率。
? ? ? ? ? ? ??儀器：電泳儀、凝膠成像系統(tǒng)；
優(yōu)點(diǎn)：簡(jiǎn)單，成本低廉；
? ? ? ? ? ? ??缺點(diǎn)：能檢測(cè)SNP位點(diǎn)有限，易污染，通量低。
4.4 變性梯度凝膠電泳法（DGGE）：
當(dāng)雙鏈DNA在變性梯度凝膠中進(jìn)行到與DNA變性溫度一致的凝膠位置時(shí)，DNA發(fā)生部分解鏈，電泳遷移率下降，當(dāng)解鏈的DNA鏈中有一個(gè)堿基改變時(shí)，會(huì)在不同的時(shí)間發(fā)生解鏈，因影響電泳速度變化的程度而被分離。
? ? ? ? ? ? ??儀器：電泳儀、凝膠成像系統(tǒng)；
優(yōu)點(diǎn)：簡(jiǎn)單，成本低廉；
? ? ? ? ? ? ??缺點(diǎn)：能檢測(cè)SNP位點(diǎn)有限，易污染，通量低。
4.5 高分辨率熔解曲線分析法（HRM）：
高分辨率熔解曲線分析(HRM)是近幾年興起的SNP研究工具，它通過實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)升溫過程中雙鏈DNA熒光染料與PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的結(jié)合情況，來判斷是否存在SNP，而且不同SNP位點(diǎn)、是否是雜合子等都會(huì)影響熔解曲線的峰形，因此HRM分析能夠有效區(qū)分不同SNP位點(diǎn)與不同基因型。這種檢測(cè)方法不受突變堿基位點(diǎn)與類型的局限，無需序列特異性探針，在PCR結(jié)束后直接運(yùn)行高分辨率熔解，即可完成對(duì)樣品基因型的分析。
儀器：實(shí)時(shí)熒光PCR儀；
優(yōu)點(diǎn)：無需設(shè)計(jì)探針，操作簡(jiǎn)便、快速、成本低；
缺點(diǎn)：通量低，結(jié)果準(zhǔn)確度不高。
4.6 連接酶檢測(cè)法（LDR）：
???????????? 即在Taq DNA連接酶的作用下,當(dāng)SNP位點(diǎn)上下游兩條寡核苷酸探針與目的DNA序列完全互補(bǔ)，并且兩條探針之間沒有空隙時(shí)才能發(fā)生連接反應(yīng)，否則連接反應(yīng)不能進(jìn)行，最后通過熒光掃描片段長度，實(shí)現(xiàn)對(duì)SNP?位點(diǎn)的檢測(cè)。
???????????? 儀器：PCR儀、測(cè)序儀；
優(yōu)點(diǎn)：較為準(zhǔn)確、簡(jiǎn)單。
???????????? 缺點(diǎn)：通量較低、用酶的地方多，易出錯(cuò)。
4.7 DNA測(cè)序法（DNA sequencing）
雙脫氧終止法，引物用四種不同顏色的熒光標(biāo)記，使每個(gè)樣品的四個(gè)測(cè)序反應(yīng)可在一個(gè)反應(yīng)管和一個(gè)泳道內(nèi)進(jìn)行。
? ? ? ? ? ?儀器：PCR儀，測(cè)序儀；
? ? ? ? ? ?優(yōu)點(diǎn)：準(zhǔn)確度高，
? ? ? ? ? ?缺點(diǎn)：成本高，通量低。
4.8?SNaPshot法：
該技術(shù)是基于熒光標(biāo)記單堿基延伸原理的分型技術(shù)，也稱小測(cè)序，主要針對(duì)中等通量的SNP分型項(xiàng)目。在一個(gè)含有測(cè)序酶、四種熒光標(biāo)記ddNTP、緊臨多態(tài)位點(diǎn)
儀器：PCR儀，測(cè)序儀；
優(yōu)點(diǎn)：準(zhǔn)確度高；
缺點(diǎn)：對(duì)引物設(shè)計(jì)要求高，成本高，通量稍低。
5. 應(yīng)用服務(wù)：
5.1 基因組制圖中的應(yīng)用
???? 目前已知超過500萬個(gè)SNP位點(diǎn)，將SNPs 與人類基因組序列、物理和遺傳圖譜結(jié)合起來以期在序列變異、疾病關(guān)聯(lián)基因、種族遺傳和基因組掃描等方面做進(jìn)一步研究；
5.2 在種族遺傳學(xué)的應(yīng)用
??????? 確定種族地域性，及種族歸屬等；
5.3 醫(yī)學(xué)中疾病易感性研究中的應(yīng)用
??????? SNPs 被認(rèn)為是一種穩(wěn)定遺傳的早期突變,與疾病有著穩(wěn)定的相關(guān)性。當(dāng)一個(gè)遺傳標(biāo)記的頻率在患者明顯超過非患者時(shí),即表明該標(biāo)記與疾病關(guān)聯(lián),通過比較分析兩者的單倍型和研究連鎖不平衡性,可將基因組中任何未知的致病基因定位；
5.4 藥物基因組學(xué)研究中的應(yīng)用
??????? SNPs 可以精細(xì)地反映個(gè)體的遺傳差異,SNPs 位點(diǎn)與個(gè)體的藥物反應(yīng)進(jìn)行相關(guān)分析,從而確定基因在藥物作用中的功能和意義。這樣既可以根據(jù)患者的遺傳特性設(shè)計(jì)治療方案,實(shí)現(xiàn)“個(gè)性化治療”,提高藥效，降低藥物的毒副作用,又可以在臨床試驗(yàn)階段為特定的藥物選擇合適的受試者,提高效率,減少費(fèi)用；
5.5 遺傳育種的應(yīng)用
??????? 研究優(yōu)良性狀與SNPs的關(guān)聯(lián)關(guān)系，指導(dǎo)育種。