高通量測序分析
產(chǎn)品名稱： 高通量測序分析
英文名稱： miseq-454
產(chǎn)品編號：
產(chǎn)品價格： 無
產(chǎn)品產(chǎn)地： null
品牌商標(biāo)： null
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? ? ? ?高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次革命性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定，因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(shù)(Next Generation Sequencing，NGS)足見其劃時代的改變，同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測序(Deep Sequencing)。
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對于微生物群落多樣性分析，基于Roche 454 FLX +、Illumina MiSeq等第二代高通量測序平臺，對核糖體DNA高變區(qū)域，比如16S/18S/ITS等序列；或功能基因，比如細菌和古菌的氨氧化酶基因、硫酸鹽還原菌的異化型亞硫酸鹽還原酶基因進行測序分析，揭示環(huán)境樣品中眾多不同類型微生物種類以及它們之間的相對豐度和進化關(guān)系。高通量測序獲得龐大的數(shù)據(jù)信息，通過生物信息學(xué)手段，結(jié)合統(tǒng)計分析，對大量數(shù)據(jù)進行PCA、PCoA等分析，得出不同條件取樣中微生物的主要組成成分是否存在差異；并進一步通過RDA分析，找到與環(huán)境因子（理化因子、疾病等）相關(guān)的微生物群落組成。探討微生物多樣性，對于研究微生物與環(huán)境的關(guān)系、環(huán)境治理和微生物資源利用，及疾病預(yù)防和診斷等有著重要的理論和現(xiàn)實意義。
高通量測序及微基生物的優(yōu)勢：
? ? ? ?1.測序通量高，可檢測到環(huán)境樣品中的痕量和微量微生物。
? ? ? ?2.PCR產(chǎn)物可直接進行測序，結(jié)果穩(wěn)定，重復(fù)性強，實驗周期短。
? ? ? ?3.微基生物開發(fā)了一套穩(wěn)定的多樣本平行測序?qū)嶒灧桨福鉀Q了樣本間數(shù)據(jù)量不平衡的技術(shù)難題，一次可實現(xiàn)上百個樣品的平行測序。
? ? ? ?4.微基生物采用頂級期刊雜志Science中2012年7月發(fā)表文獻中的低偏差擴增（LEA-Seq）方法構(gòu)建文庫，更真實的還原樣本中微生物的分布比例。
? ? ? ? 5. 微生物群落多樣性分析有Roche 454 FLX +和Illumina MiSeq兩種高通量測序平臺可供選擇，根據(jù)不同的測序要求提供不同的解決方案。
? ? ? ? 6.專業(yè)的生物信息學(xué)分析人員，真實準(zhǔn)確的對測序結(jié)果進行數(shù)據(jù)分析，針對客戶的不同需求，提供專業(yè)的分析流程和結(jié)果。
生物信息學(xué)分析流程：
實驗流程：
? ? ?技術(shù)路線：
? ? 基因組DNA抽提：
? ? 針對客戶的樣本來源不同，我們針對性優(yōu)化不同的基因組抽提方法，已達到提取效果最佳。
擴增區(qū)域的選擇:
細菌16S區(qū)域的選擇
真菌18S區(qū)域的選擇
原核微生物16S、真核微生物18S PCR、真菌ITS、功能基因目的片段的LEA-Seq PCR擴增
? ? ?根據(jù)樣品基因組DNA濃度及預(yù)實驗電泳結(jié)果，調(diào)整模板的量及PCR循環(huán)數(shù)，進行低偏差LEA-Seq PCR擴增，確保每個樣品擴增結(jié)果亮度明顯，條帶單一。
多樣本平行測序
? ? 1.多樣本同時進行高通量測序，樣本數(shù)目高達上百個。
? ? 2.各樣本之間通過barcode標(biāo)簽進行區(qū)分。
? ? 3.微基生物生物自己開發(fā)了一套穩(wěn)定的多樣本平行測序分析方案，分析結(jié)果準(zhǔn)確詳盡。
生物信息學(xué)分析
? ? 1. 數(shù)據(jù)回歸樣品
? ? 根據(jù)barcode信息將測序數(shù)據(jù)回歸樣品
? ? 2. 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析
? ? 有效序列及優(yōu)化序列的數(shù)據(jù)統(tǒng)計，可提供準(zhǔn)確的reads數(shù)據(jù)的統(tǒng)計
? ? 3.單樣品數(shù)據(jù)分析
? ? ?1）計算菌落多樣性和豐度指數(shù)
? ? ?2）取樣深度測試（Rarefaction Curve）
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? ? ?3）序列聚類OUT分類學(xué)表
? ? ?4.多樣品數(shù)據(jù)分析
? ? ?1）各樣品群落結(jié)構(gòu)分析柱狀圖
? ? ?2）全樣品相似度分析樹狀圖
? ? ? 3）樣品OTU分布比較-VENN圖
? ? ?可以進行2樣本、3樣本、4樣本、5樣本的VENN圖
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? ? ? 4）Heatmap熱圖分析
? ? ? 5）組間顯著性差異分析（metastats分析）
? ? ? 6）PCA分析(Principal Component Analysis)
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? ? ? 7）RDA分析
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? ? ?8）OTU分類學(xué)信息統(tǒng)計表
? ? ?高級生物信息學(xué)統(tǒng)計分析：
? ? 1 微生物種類分級進化樹分析
? ? ?2 網(wǎng)絡(luò)圖分析方案
? ? ?3進化樹分析
送樣要求
送樣類型1
? ? (1)樣品類型：糞便，新鮮取樣，凍存于-80℃
? ? (2)樣品需求：≥2g
? ? (3)樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時請使用冰袋或干冰運輸
? ? (4)對于本種類型的樣品，我們將采用Qiagen QlAamp DNA tool Mini Kit進行基因組DNA抽提
送樣類型 2
? ? (1) 樣品類型： DNA
? ? (2) 樣品需求量：≥300ng
? ? (3) 樣品濃度： ≥10ng/μL
? ? (4) 樣品純度：OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解
? ? (5) 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時請使用冰袋或干冰運輸
? ? (6) 對于本種類型的樣品，我們在檢測完樣品的質(zhì)量后，進行PCR擴增等后續(xù)試驗。