百邁客全面升級的轉錄組測序
產品名稱: 百邁客全面升級的轉錄組測序
英文名稱: transcriptome sequencing
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北京百邁客生物科技有限公司
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1轉錄組分析及其技術優勢
轉錄組分析
轉錄組是指一個活細胞在特定狀態下所能轉錄出來的所有mRNA的總和,包括編碼RNA和非編碼RNA。高通量轉錄組測序技術是基因功能及結構研究的基礎,無需了解物種基因組信息,能夠對任意物種進行轉錄組分析,可全面快速的獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的完整表達信息,已成為基因表達和轉錄調控機制研究的重要手段。
主要研究方向
轉錄本結構研究:UTR區識別、可變剪切預測、分子標記開發等
基因轉錄水平研究:基因表達定量、基因功能注釋、不同樣本間差異表達基因分析等
非編碼區域功能研究:non-coding RNA研究、microRNA前體研究等
全新轉錄區域研究:檢測新基因,完善物種基因組功能注釋
百邁客特有轉錄組測序優勢
我們會根據老師的研究目的、實驗材料、研究經費等情況,為老師量身定制實驗方案及個性化的分析內容,將問題提前解決,避免出現獲得大量轉錄組數據后卻不知如何使用的問題,以實現轉錄組測序效益最大化。
—?????? 嚴格的質控體系:貫穿全程的質量評價體系,包括原始數據質量評估、數據組裝結果評估、數據整體質量評估,確保分析結果的可靠性(如圖1)。

—?????? 高完整性、低冗余度的轉錄組本組裝: 對于沒有參考基因組的物種,采取合并組裝,實現組裝結果的高完整性和低冗余度,為后期數據分析提供更可靠的reference。
—?????? 更準確的基因表達量計算,更全面的基因差異表達分析: Tophat2/Bowtie+RSEM結合使用實現表達量計算結果的高準確性,我們利用unique比對與multiple比對信息,采用極大似然算法對表達量進行精確估計,從而更真實地反映基因的表達量情況(如圖2);
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注:RSEM使用Bowtie將原始的read比對到組裝得到轉錄本上,然后根據比對到轉錄組本unique區段(紅色區域)的reads數和比對到repeat區段(藍色區域)的reads數,采用極大似然算法來估計比對到轉錄本上reads數目的期望值,最后利用RPKM/FPKM值進行表達量計算。
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—?????? GO/KEGG富集分析,有效捕獲感興趣信息,直觀化的數據結果方便目的基因選擇:差異表達基因分析更加深入,針對GO、KEGG注釋結果的海量數據,利用更全面的GO、KEGG富集因子分析,讓您在眾多的差異表達基因中找出自己真正感興趣的基因與代謝通路,以解決您真正關心的科學問題,實現項目效益的最大化(如圖3、圖4)。
