SITE-Pro體外脫靶檢測

舒桐科技長期致力于基因編輯領(lǐng)域，其中也包括對(duì)脫靶檢測手段的大力研發(fā)。近年來，我們成功開發(fā)了GUIDE-pro體內(nèi)脫靶檢測及SITE-pro體外脫靶檢測。SITE-pro是由舒桐公司基于SITE-seq體外脫靶檢測手段自主研發(fā)的高效、高敏感、高特異性、高通量的sgRNA脫靶檢測及篩選的方法。

SITE-seq原理如下：提取高分子量DNA，直接進(jìn)行體外切割，加帶有生物素標(biāo)記的接頭，DNA片段化，加上另外一端接頭，PCR擴(kuò)增完成文庫構(gòu)建。最后采用PE150策略進(jìn)行測序。

SITE-seq原理及實(shí)驗(yàn)流程

舒桐SITE-Pro優(yōu)勢

1. 無需高分子量DNA，普通提取的DNA即可；
2. DNA需要量少，傳統(tǒng)的SITE-seq每個(gè)樣本至少需要的DNA為10ug，改造后的SITE-Pro僅需5ug就能完成實(shí)驗(yàn)；
3. 不受物種限制，無論是植物還是動(dòng)物都可進(jìn)行檢測；
4. 可同時(shí)檢測多條sgRNA的在靶機(jī)脫靶，可用于大規(guī)模的sgRNA篩選；
5. 不僅能檢測SpCas9 的脫靶，還能檢測SaCas9，AsCpf1和LbCpf1的脫靶；
6. 脫靶位點(diǎn)相較于細(xì)胞內(nèi)脫靶檢測，其覆蓋更加全面；
7. 服務(wù)周期短，從準(zhǔn)備DNA到最終可視化結(jié)果呈現(xiàn)，僅需1月。

舒桐升級(jí)版SITE-Pro的應(yīng)用場景

1. 高通量sgRNA篩選：

   設(shè)計(jì)多條sgRNA后，利用SITE-Pro篩選切割效果最高，或者脫靶最低的sgRNA；無需再進(jìn)行傳統(tǒng)的耗時(shí)耗力的低通量篩選驗(yàn)證；

2. 脫靶檢測：

   無論是植物還是動(dòng)物，還是無法獲取大量DNA或者高分子量DNA（如石蠟切片/長期凍存的細(xì)胞），都可采取該方法進(jìn)行脫靶檢測。另外，相較于體內(nèi)脫靶檢測，覆蓋的脫靶位點(diǎn)更為全面。這對(duì)于基因治療極為重要；
3. 不僅適用于SpCas9，還適用于SaCas9，AsCpf1和LbCpf1等

實(shí)驗(yàn)示例

舒桐醫(yī)療科技有限公司利用SITE-Pro對(duì)文獻(xiàn)常檢測的位點(diǎn)HEK293細(xì)胞系的site 1進(jìn)行了脫靶檢測，找到了更多的脫靶位點(diǎn)。

服務(wù)內(nèi)容

樣品要求

1. DNA樣品總量：10ug以上，濃度50ng/ul以上；
2. DNA樣品純度：OD260/280=1.8~2.0 ；
3. DNA樣品完整性：DNA無降解，需提供凝膠電泳檢測膠圖。