芯片數據分析
產品名稱： 芯片數據分析
英文名稱： Microarray Data Analysis
產品編號：
產品價格： 詢價：021-33836280
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芯片數據分析服務
DNA microarray data analysis
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通用芯片數據分析項目
一．芯片數據信息讀取（必須）
芯片數據一般都是通過熒光檢測裝備檢測到的熒光強度，芯片上的每一個點（spot）都有自己的雜交信號，通過掃描及讀取，可以獲取這些雜交信號的相對強弱。
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二．數據的預處理以及均一化（必須）
將芯片探針同步到不同的annotation庫里面，讀取的雜交信號進行log化等預處理，多個探針表達水平同步到特定的基因上，然后進行背景校正，多樣本之間進行歸一化等等，得到各個基因的相對表達水平。
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三．樣本表達水平整體分析（可選）
使用樣本間的correlation test，主成分分析（PCA）等手段，可以粗略看出各個樣本間的成員關系，以及它們之間的相關性，從而對實驗好壞做出推斷。
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四．表達水平差異基因篩選（推薦）
基于不同的實驗設計，我們使用相對應的統計手段，如student-t test, ANOVA, ANCOVA, regression test以及simulation等等，得到統計上顯著的差異表達的基因、microRNA或者甲基化區域等等。
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五．基于表達量的聚類分析（推薦）
具有相似表達量變化趨勢的基因很可能具有相同或者相似的功能，基于 hierarchical cluster或者k-mean cluster等方法對基因或者microRNA以及樣本進行聚類分析。
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六．Gene Ontology分析（必須）
對于得到的特定基因分類，我們采取DAVID、EasyGO等GO分析軟件對所得基因進行功能分析，并得到可能的富集功能，繪制相關圖和表格。GO 分析對實驗結果有提示的作用，通過差異基因的GO 分析，可以找到富集差異基因的GO分類條目，尋找不同樣品的差異基因可能和哪些基因功能的改變有關。
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七．Pathway Analysis分析（必須）
基于KEGG等數據庫，我們采取超幾何分布檢驗等統計手段，得到顯著富集的生物信號通路或者代謝通路。通過差異基因的Pathway 分析，可以找到富集差異基因的Pathway 條目，尋找不同樣品的差異基因可能和哪些細胞通路的改變有關
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八，Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）分析（推薦）
基因富集分析，它是用統計學的方法分析若干類功能基因簇（gene set）是否在不同的生物樣本組中存在差異，通過芯片實驗數據的分析，尋找不同樣品的差異基因可能與哪些生物學功能相關，為后期實驗提供參考。
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九，針對不同類型芯片的分析
例如SNP芯片的CNV和LOH分析，microRNA芯片的靶基因預測，外顯子芯片的可變剪切體分析等等。
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十，個性化數據分析
按照客戶的要求和課題的特殊要求進行個性化數據分析。
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詢價：021-33836280
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