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產品介紹

微生物重測序能夠快速解析菌株之間的變異信息。利用高通量測序技術，對一個物種的全基因組進行測序，并與近緣參考基因組進行比對，開發海量的SNP，InDel等分子標記，系統全面的檢測菌株之間的基因變異信息。同時還可進一步進行物種進化、種群特征、選擇壓力等深入研究。

適用范圍

有參考基因組的菌株或真菌；

選擇具有代表性的個體。

技術優勢

????快速精準高效的解析基因組之間的差異，對全基因組的每一個堿基進行分析，獲得最廣泛的分子標記；

????遺傳變異類型豐富：單核苷酸多態性（SNP）、插入缺失（InDel）一網打盡，深度解析基因變異的各個方面；

快速高效：僅僅45個工作日即可完成全部分析內容，全方位加速微生物基因組快速發展；

精準分析：10年以上項目經驗的專業分析人員深入解析，精確解決科研過程中的各個問題。

技術流程

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重測序建庫及測序流程

微生物重測序分析流程

技術參數

案例解析

案例一：蛭弧菌個體重測序

蛭弧菌（Bdellovibrio?bacteriovorus）是一類能寄生于其它細菌，并能導致其裂解的革蘭氏陰性菌。蛭弧菌比一般的細菌個體小，能通過細菌濾器，有類似噬菌體的作用，是一類能“吃掉”細菌的細菌。文章對一株野生型和一株突變型蛭弧菌進行了全基因組重測序，該突變型蛭弧菌可以不依賴宿主繁殖與生存。與參考基因組比對后，兩株蛭弧菌分別獲得28,386和28,379個突變位點，它們之間的差異突變位點為19個，其中包括一個2bp的InDel引起了hit基因的移碼突變，該基因與蛭弧菌的宿主依賴性相關。

?????????????????????????圖1??兩株蛭弧菌的基因組圈圖

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案例二：裂殖酵母群體重測序

裂殖酵母（Schizosaccharomyces?pombe）是重要的真核模式生物，對100年來全球20個國家和地區收集的161個自然菌株的基因組進行了重測序，測序深度中值為76×。結果發現這些菌株有適中的遺傳多態性（π=3×10-3）和較弱的群體結構。同時發現裂殖酵母的起源可以追溯到約公元前340年，并且一些重要的起源時間節點和古代文明的發展密切相關。通過全基因組關聯分析揭示了基因型和表型變異之間的關系。

圖1?全基因組關聯分析結果

參考文獻

[1]Wurtzel?O,?Dori-Bachash?M,?Pietrokovski?S,?et?al.?Mutation?detection?with?next-generation?resequencing?through?a?mediator?genome[J].?PLoS?One,?2010,?5(12):?e15628.

[2]?Jeffares?D?C,?Rallis?C,?Rieux?A,?et?al.?The?genomic?and?phenotypic?diversity?of?Schizosaccharomyces?pombe[J].?Nature?Genetics,?2015,?47(3):?235-241.

常見問題

（1）上機測序前如何判斷樣本是否有其他細菌污染？

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送樣后，美吉會對細菌樣本的16S?rRNA進行擴增、測序和比對，確認是否存在其他細菌污染，如果一代測序峰圖有明顯的雙峰現象，或者NCBI的比對結果與預期結果不相符，則可以判斷樣本中存在污染。

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（2）重測序分析是否進行de?novo拼接？

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能夠比對到參考基因組上的reads序列是不進行de?novo拼接的，但美吉會對沒有比對到參考基因組上的reads進行de?novo組裝，發現基因組大片段插入和缺失。