t-NAS: 轉(zhuǎn)錄組新可變剪接位點的發(fā)現(xiàn)
產(chǎn)品名稱： t-NAS: 轉(zhuǎn)錄組新可變剪接位點的發(fā)現(xiàn)
英文名稱： transcriptome-Novel Alternative Splice site discovery
產(chǎn)品編號：
產(chǎn)品價格： 詢價
產(chǎn)品產(chǎn)地： null
品牌商標： null
更新時間： null
使用范圍： null
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t-NAS: 轉(zhuǎn)錄組新可變剪接位點的發(fā)現(xiàn) (transcriptome-Novel Alternative Splice site discovery)
推廣價：3.8萬/個（可以包括兩個實驗重復(fù)）；4.8萬/組（包括兩個生物學(xué)樣品，每個樣品可包括2個實驗重復(fù)）; 5.8萬/組 (包括三個生物學(xué)樣品，每個樣品可以包括2個實驗重復(fù))。對您感興趣的問題進行更深度的科學(xué)分析和亮點挖掘另外加2萬/組。
本公司采用自主研發(fā)與成熟開源軟件相結(jié)合的方式構(gòu)建了專業(yè)高效的生物信息分析流程，對您獲得的海量RNA-seq序列的質(zhì)量、特征等重要信息進行圖形可視化；發(fā)現(xiàn)您樣品中的新可變剪接事件，揭示出的重要科學(xué)問題進行中肯分析；讓您快速“發(fā)現(xiàn)”所關(guān)注生物學(xué)問題，醫(yī)學(xué)問題和農(nóng)業(yè)問題的答案。
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技術(shù)路線：
1.????? Pretreatment（有效序列Reads提取）
l? 高通量測序質(zhì)量評估，獲得測序有效讀長。
l? 剔除每條序列中的index序列和adaptor序列。
l? 獲得有效序列總數(shù)。
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2.????? Mapping (全基因組定位)：讓您“看見”自己樣品中mRNA和ncRNA的分布狀態(tài)。
l? Reads mapping: total mapped, unique mapped, multiple mapped.
l? Genomic distribution of the mapped reads。包括不同基因區(qū)域分布分析：
?????? （1）mRNA and ncRNA region
?????? （2）sense and antisense region
?????? （3）5’UTR, CDS, 3’UTR, intron, intergenic region
3.????? mRNA coverage analysis（mRNA覆蓋度分析）：讓您“看見”自己樣品中mRNA的質(zhì)量和特征。
l? 盒須圖分析mRNA不同區(qū)的reads coverage，以intron區(qū)作對照。
l? Reads 在均一化的mRNA上的分布圖。
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4.????? Expression analysis (mRNA 表達量分析)：讓您“看見”自己樣品中每個基因的表達量。
l? 通過嚴格的標準化獲得您樣品中每個基因的可信表達豐度。
l? 根據(jù)表達豐度對您樣品中的基因分布趨勢進行可視化。
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5.????? Discovery of novel alternative splicing (AS) events and mRNA isoforms (發(fā)現(xiàn)新的可變剪接事件和mRNA同源異形體產(chǎn)物)：讓您快速“發(fā)現(xiàn)”多種可變剪接產(chǎn)物mRNA及其介導(dǎo)編碼的蛋白質(zhì)水平變化；“認清”新的可變剪接對你所感興趣生物學(xué)、醫(yī)學(xué)和農(nóng)業(yè)問題的重要貢獻.
?? 對流程步驟1中獲得的有效Reads進行mRNA“定位”，發(fā)現(xiàn)新的剪接結(jié)合處（SJ）。從其中尋找剪接事件并對其分類：
??????? 外顯子跳躍（exon skipping）
??????? 互斥性外顯子（mutual exclusive exon）
??????? 可變5’剪接位點（alternative 5’ss），包括可變5’轉(zhuǎn)錄起始位點
??????? 可變3’剪接位點（alternative 3’ss），包括可變3’多聚腺苷化位點
??????? 內(nèi)含子包含（intron retention）
l? 對新的內(nèi)含子包含（intron retention）事件進行單獨分析和發(fā)現(xiàn)。
l? 對新的剪接事件進行統(tǒng)計分布分析。
l? 對新的剪接事件所產(chǎn)生的新剪接產(chǎn)物進行特征分析，“察清”其對基因表達水平和所編碼蛋白性質(zhì)的潛在影響。
l? 對新的剪接事件涉及的基因進行功能聚類分析。
l? 結(jié)合您的前期研究成果和您研究領(lǐng)域的進展，給出您新的科學(xué)發(fā)現(xiàn)。
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6.????? 為客戶提供驗證新AS的實驗方案。
7.????? 為客戶提供驗證新科學(xué)發(fā)現(xiàn)的實驗方案。
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我們的承諾：
l? 提交您專業(yè)的項目結(jié)題報告。
l? 一個生物學(xué)樣品分析完成時間一般為5-7個工作日，每加一個樣本增加2-3個工作日。
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您需要提供的樣品：
l? 如果您的RNA-seq過程不是在本公司完成，請您提供原始測序數(shù)據(jù)，樣品介紹，以及您的項目需求。
l? 分析結(jié)果的可信度和深度依賴于您的測序質(zhì)量和有效reads的數(shù)量。
l? 高度推薦75-nt以上的序列。
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